Ihlara Vadisi'nin doğal oluşumu, korunaklı yapısı, burayı Hristiyanlık dininin önemli yeri haline getirmiştir. M. S. 4. yüzyıldan itibaren bir manastır merkezi olan Ihlara Vadisi'nde, döneminin fresk, resim sanatı özelliklerini barındıran pek çok kilise bulunmaktadır. Vadide yer alan, banisi (yaptıranı) belli olan kiliseler, bilim dünyası için ayrı bir önem taşımaktadır. Çünkü vadide yer alan kiliselerin kesin tarihlendirilmesi oldukça güçtür. Kapalı Yunan Haçı ve serbest haç planlı, tek ve çift nefli kaya oyma kiliseler, Vadinin dik yamaçlarında sağlı sollu yer alarak, ortadan akan Melendiz Çayı'nın sularıyla bütünleşir. Ihlara Vadisi'nin doğal yapısı itibarıyla, IV. yüzyıldan itibaren keşişler ve rahipler tarafından çok uygun bir inziva yeri olarak kullanılmıştır. Hristiyanlık dini, farklı dilleri konuşan insanlar arasında yayılmaya başlamıştır. Okuma yazma oranının düşük olması, Latinceyi az kişinin bilmesi, dinin yayılmasını zorlaştırmıştır. Bu nedenle dini yaymak için kiliselerde, İsa'nın hayatı, İncil'deki konular, din büyükleri ve onlarla ilgili olaylar resimlerle kilise duvarlarında fresk tekniğinde uygulanmıştır.

Vadi'de yer alan freskli kiliselerde (Sümbüllü, Yılanlı, Kokar, Ağaçaltı, Pürenliseki, Eğritaş, Kırkdamaltı, Bahattin Samanlığı gibi) İsa'nın Doğumu, Meryem'e Müjde, Ziyaret, Mısır'a Kaçış, Son Akşam Yemeği gibi sahneleri görmek mümkündür. Vadide yer alan Selime Kasabası ve Yaprakhisar Köyü'nde de önemli kiliseler bulunmaktadır. Selime Kalesi, Derviş Akın Kilisesi, Doğan Yuvası Kilisesi gibi.

Tarihi öneminin yanısıra doğal güzellikleri bünyesinde barındıran görenleri etkileyen Ihlara Vadisi her yıl çok sayıda ziyaretçi ağırlamaktadır.
Müze.gov.tr'ye göre müzeye giriş ücreti 8 TL'dir.
Bir yıl boyunca Müzekart ile 2 kez, Müzekart+ ile ise sınırsız ziyaret edebilirsiniz.